La microbiota comprende todos los organismos vivos que forman el microbioma. Mientras que el metagenoma comprende una colección de genomas y genes presentes en una microbiota.

En los microbiomas vegetales presentes en el suelo, las plantas y el aire tienen implicaciones favorables en los cultivos, optimizando la producción de alimentos, fibras agrícolas y piensos:

• Los microbios en el suelo fijan el nitrógeno en el suelo, beneficiando el crecimiento de las plantas.
• Algunos microbios pueden descomponer el gas metano, contribuyendo a detener el cambio climático.
• El compostaje de microbios elaborado con desechos verdes (plantas, verduras, frutas) posee suficientes nutrientes para enriquecer el suelo.
• Los microbiomas marinos presentes en mares y océanos influyen notablemente en la fisiología, comportamiento y ecología de los animales marinos. Las bacterias, arqueas y hongos contribuyen, por ejemplo, al ciclo de nutrientes y materia orgánica de los corales.

En cambio, los microbiomas de algunas especies de esponjas marinas contribuyen al ciclo de nitrógeno en los océanos, a través de la oxidación del amoníaco por parte de las arqueas y bacterias.

En el microbioma humano se ha determinado que la mitad de las células del cuerpo humano son humanas y el resto corresponden a microorganismos. Los ecosistemas microbianos presentes en el organismo se localizan en el tracto gastrointestinal, genitourinario y respiratorio, boca, nariz, faringe y en la piel.

Los factores que modifican la composición de la microbiota humana están relacionados con la genética, el género, el desarrollo hormonal y la edad, evolucionando con el crecimiento. En cuanto a los factores externos se destacan la ubicación geográfica, el clima, el estilo de vida, la higiene personal, así como el uso de antibióticos y fármacos.